مسجد یادگاری
مسجد آقابزرگ نه تنها هدیه‌ای بود به ملا مهدی نراقی که از علمای بزرگ زمانش بود، بلکه یادگاری بود برای تمام کسانی کـه روزی برای تماشا، گـذرشان به این عمارت زیبا می‌افتد. یـادگاری از معمار و بنا و کـاشی‌ساز و نقاش و گچ‌بر و خطاط و البته حاج محمد تقـی، بانی مسجد و مدرسه. این قابی است که معمار بنا برای کسانی که از سردر مسجد داخل می‌شوند، یادگار گذاشته است. مسجد آقا بزرگ محل اقامه نماز و تدریس ملا مهدی نراقی بوده است.
مدرسه‌ای در سایه
مسجد مدرسه آقابزرگ در کاشـان حاوی یک ابتکار در استفاده از طرح گودال باغچه است. گودال باغچه راهکاری است برای فرار از گـرمای طاقت‌فرسای تابستان‌های کاشـان و ایجاد سایه در ساعت‌هایی از روز که خورشید تمام تـلاش خود را برای قدرت‌نمایی مـی‌کند. در ایـن طرح، معمار حیاط‌هایی دو یا سه طبقه برای عمارتش در نظر می‌گیرد. حیاط اول هم سطح کوچه است، حیاط دوم پایین‌تر از حیاط اول و حیاط سوم پایین‌تر از حیاط دوم. گودال باغچه آقا بزرگ 12 حجره برای اقامت طلاب علوم دینی و یک کلاس درس دارد. گودال بخش مدرسه این عمارت است.
حرف‌و‌حدیث‌‌کتیبه‌ها
کتیبه‌های مسجد مدرسه آقابزرگ هزار و یک حرف و توصیه و اطلاعات برای بازدیدکنندگان دارند؛ از نام بانی مسجد و نشان خطاط کتیبه تا فرمان محمد شاه قاجار برای بخشیدن مالیات قصابان و دباغان کاشانی. خواندن کتیبه‌ها کمی دقت می‌خواهد، چرا که گاهی کلمه‌های یک جمله بالا و پایین و پس و پیش می‌شوند و در جای معمول خود نیستند.
اغلب کتیبه‌های مسجدها به آیات قرآن و روایاتی از پیامبر اسلام)ص( و امامان معصوم)ع( اختصاص دارند.
ورودی رنگارنگ
چه معماران مسجد مدرسه در گنبد و بدنه‌های بیرونی قرارشان بر سادگی و استفاده از رنگ نخودی آجر بوده است، در سردر مسجد نشان داده‌اند در هنر تزئین بنا کاربلد هستند. این قاب رنگارنگ از کاشی‌های خشتی تنها بخشی از ایوان ورودی مسجد آقا بزرگ است؛ تنها بخش از بدنه بیرونی بنا که در آن می‌توان تزیینات دید.
گلدان پر از گل‌های سرحال و رنگارنگ نشان از بهشت وعده داده‌شده به مؤمنان است.
سادگی زیبا
شاید بینندگان انتظار داشته باشند که گنبد مسجدهای ایرانی پوشیده از کاشی‌های رنگارنگ باشد. با این حساب ممکن است به نظر برسد معماران قاجاری در ساخت گنبد کم‌کاری کرده‌اند. اما آنها نه تنها چیزی را از قلم نینداخته‌اند، بلکه تمام سعیشان را کرده‌اند تا بدون تزیینات و در نهایت سادگی مسجدی زیبا و تحسین‌برانگیز بسازند. در نگاه اهل فن، گنبد خوش حالتِ بدون تزیینات مسجد یکی از زیباترین بخش‌های مسجد است.