در ۲۵ صفر ۱۳۶۴(۲۰ بهمن ۱۳۲۳) در روستای عیتا الجبل، در ۱۱۰ کیلومتری شهر بیروت، واقع در جنوب لبنان به دنیا آمد. نسب خاندان پدریاش به «الحسین ذوالدمعه»، فرزند زید، فرزند امام سجاد علیه‌السلام می‌رسد.
تحصیلات مقدماتی را به صورت غیررسمی نزد پدرش در لبنان آغاز کرد و در ۱۳۸۲ق برای تحصیل علوم دینی به نجف رفت و در آنجا مدرسه آیت‌الله بروجردی و جامعه النجف الدینیه را برای اقامت برگزید و به تحصیل علوم دینی مشغول شد. سپس در سال ۱۳۸۸ق به قم مهاجرت کرد و در حوزه علمیه قم، ابتدا باقیمانده دروس سطح را نزد آیت‌الله میرمحمدی آموخت و در ادامه در درس حضرات آیات میرمحمدی، میرزاهاشم آملی، شبیری زنجانی، فانی، حائری و... حاضر شد و همزمان به پژوهش‌های جدی در حوزه تاریخی و عقاید شیعی، پرداخت.
از فعالیت‌های مهم او در سال‌های اقامت در ایران، راه‌اندازی «منتدا» یا «مدرسه علمیه جبل عاملی‌ها» در قم و تدریس در دانشگاه تربیت مدرس بود. پس از ۲۵ سال اقامت در قم، به لبنان بازگشت و تلاش‌های علمی، پژوهشی و تربیتی خود را در جنوب لبنان که آن زمان در اشغال رژیم صهیونیستی بود ادامه داد. محل سکونتش همان روستای عیتا الجبل بود؛ جایی که تنها دوازده کیلومتر با مرز رژیم صهیونیستی فاصله داشت و در جنگ ۳۳ روزه به‌طور کامل منهدم و مجدداً ساخته شد.
وی در سال‌های فعالیتش در لبنان علاوه بر پژوهش در زمینه تاریخ و تأسیس مرکزی تحقیقاتی در بیروت، به برگزاری جلسات مختلف برای جوانان شیعه لبنانی همت گماشت و از این راه، نسلی از فعالان مذهبی در میان شیعیان لبنان به وجود آورد. یکی از مهم‌ترین اقدامات او در مسیر آموزش مبانی اعتقادی، تأسیس حوزه علمیه بیروت بود.
در طی همه این سال‌ها به تدریج به چهره‌ای برجسته در عرصه پژوهش‌های تاریخ اسلام به ویژه تاریخ اهل بیت(ع) بدل شد و آثار قابل توجهی خلق کرد که به زعم پژوهشگران تاریخ، آثارش چند ویژگی خاص دارد: تتبع گسترده، ارزیابی دقیق، ریشه‌یابی هوشمندانه از حوادث، مشخص کردن صریح جعل و تحریف، افشای چهره‌های فریبکار در نگارش متون تاریخی، آشنایی گسترده و عمیق با منابع تاریخی و روانی قلم و سبک دسته‌بندی مطالب در کتاب‌هایش.
مهم‌ترین اثر او مجموعه ۳۵ جلدی الصحیح من سیرة النبی الاعظم با موضوع سیره پیامبر اکرم(ص) و تاریخ اسلام است. فهرست برخی از آثار وی بدین قرار است: مأساة الزهرا علیها السلام، ابوذر لا اشتراکیه... ولا مزدکیه...، احیوا أمرنا، الإمام علی والنبی یوشع (تاریخ یعید نفسه)، الحیاه السیاسیه للإمام الجواد علیه‌السلام، الحیاه السیاسیه للإمام الحسن علیه‌السلام، الحیاة السیاسیه للامام الرضا علیه‌السلام، الزواج الموقت فی الإسلام «المتعه»(دراسه وتحلیل)، الشهادة الثالثه فی الأذان والإقامه (شبهات و ردود)، اهل البیت فی آیة التطهیر (دراسه وتحلیل)، حدیث الإفک، علی علیه‌السلام والخوارج (تاریخ و دراسه)، الغدیر والمعارضون أو عواصف علی ضفاف الغدیر، کربلا فوق الشبهات (حدیث عن التشکیک والمشککین)، مراسم عاشوراء (شبهات و ردود)، موقف علی فی الحدیبیه، و...
سید جعفر مرتضی عاملی در۲۷ صفر ۱۴۴۱ق (۴ آبان ۱۳۹۸ش) در بیروت درگذشت و در زادگاهش دفن شد.
رسول جعفریان، مورخ تاریخ اسلام، پس از وفاتش درباره وی نوشت: «آقای سید جعفر مرتضی، حاصل سه مکتب فکری بود: یکی مکتب لبنان که ادبیات نگارشی ایشان، و انس و الفتش با آثار آن دیار، علاوه بر تربیت در دوره کودکی، میراث آن دوره است. دیگر نجف که چند سالی در آنجا مانده و تحصیل کرده بود، و البته جزو معدود طلبه‌هایی بود که آنجا را ترک و سال ۴۷ به قم آمد. سوم مکتب قم که عمده تحصیل و تحقیق و تألیفات ایشان در اینجا بود و تا سال ۷۳ در آنجا بود».