روی خط ساحلی
اگر بخواهید تنها صدف‌ها و مرجان‌های ایرانی سالن خلیج فارس موزه را در سرزمین بومی‌شان ببینید، باید پنج هزار و 800 کیلومتر خط ساحلی ایران را بپیمایید. اما در سالن صدف‌ها و مرجان‌های موزه می‌شود تمام آن‌ها و بلکه نمونه‌هایی از سایر نقاط جهان را به آسانی دید. سالن خلیج فارس با 22 ویترین یکی از بزرگ‌ترین مجموعه‌ها از صدف‌ها و مرجان‌های ایران و جهان را در خود جای داده است. این سالن در ابتدای مسیر بازدید از موزه قرار دارد.
جانداران آرام
اینجـا یـکـی از شلـوغ‌تـرین و پـرجمعیت‌تریـن سـالـن‌هـای مـوزه تاریـخ طبیعی است. سالن پرندگان و پستانداران آکنده سازی (تاکسیدرمی) موزه یـکی از محبوب‌ترین سالـن‌ها برای بازدیدکنندگـان است. در قفسه شیشه‌ای (ویترین) این سالن می‌توانید از نزدیک و به دقت جانوران اهلی و وحشی را تماشا کنید. آن‌ها معمولاً در طبیعت یا باغ وحش چنین آرام و با حوصله یکجا نمی‌مانند تا نگاهشان کنید. یکـی از مهـم‌ترین هدف‌هـای موزه‌هـای تاریـخ طـبیعی آمـوزش و پژوهش است.
دنیای زیر آب
تنها موجودات زنده موزه را در سالن آبزیـان مـی‌تـوانید ببینید. در ایـن بخش ماهیان رنگارنگ آب‌های شـور و شیریـن در آبزیدان (آکواریـوم) در حال شنا و آب‌تنی هستند. از جمله دیدنی‌هـای سالن آبـزیان، استخوان‌بنـدی بـزرگ نهنـگ گوژپشت است. نهنگ‌هـای گوژپشت 12 تا 16متر طول دارند و در اقیانوس‌ها زندگی می‌کنند. سالن آبزیان یک آبزیدان (آکواریـوم) بسیار بزرگ به حجم سه هزار لیتر هم دارد که پر است از ماهیان بازیگوش تماشایی.
جمع جانداران
موزه تاریخ طبیعی همدان شش سالن دارد که در آن‌ها می‌توانید بسیاری از جانداران کره خاکی را به دقت تماشا کنید. در این موزه به‌جز سالن جانداران، یک سالن هم به سنگ‌ها اختصاص دارد که در آن 130 ویترین پر از کم‌نظیرترین و گران‌قیمت‌ترین سنگ‌های ایران دیده می‌شود.
در محاصره حشرات
پرجمعیت‌ترین جانداران جهان یک سالن از موزه را به خود اختصاص داده‌اند. شاید جالب باشد بدانید که 70 درصد جمعیت جانداران را حشرات تشکیل می‌دهند. پس این سالن موزه را با حوصله بیشتری ببینید تا با آن‌ها بیشتر آشنا شوید. شاید محبوب‌ترین اعضای این سالن همین پروانه‌ها باشند که اگر بخواهید در طبیعت آن‌ها را ببینید باید مدام به دنبال آن‌ها از این گل به آن گل بدوید.